Las cuentas contables son códigos que existen en el programa para registrar en ellos la contabilización de todas las transacciones comerciales y/o financieras que requiera la empresa.
Importante: Siigo ya trae preestablecidas gran cantidad de cuentas contables hasta el tercer nivel (Grupo – Cuenta y Subcuenta), las cuales, pueden ser modificadas, crear nuevas o auxiliarizar y/o subauxiliarizar las que ya existen; las modificaciones solo se pueden realizar a cuentas que no tengan registrada contabilización.
Para crear nuevas cuentas o modificar las existentes, ingresas al ícono 
que corresponde a Configuración, luego vas por Contabilidad – Generales – Cuentas contables.
O seleccionar el módulo de Contabilidad – Cuentas contables.
El sistema te trae un listado de clases, las cuales manejan una numeración del 1 al 9 con su correspondiente descripción; se puede decir que esta clase es la clasificación más grande que manejan las cuentas contables y sobre los cuales se pueden crear hasta 5 niveles.
¿Cómo auxiliarizar una cuenta contable?
1. Lo primero es estar ubicado sobre la Subcuenta y con ello en la parte derecha de la pantalla se habilita el ícono Crear auxiliar.
2. Al dar clic en se habilitan los campos para incluir un código (dos posiciones numéricas) y una descripción, estos datos son obligatorios.
3. Característica Transaccional
- Relacionado con: Es un campo que el programa diligencia de manera automática; cuando dicha cuenta se asocia a catálogos como: formas de pago, impuestos, grupos de inventario o activos, etc.
- Categoría: Seleccionas el criterio que corresponda de acuerdo a la cuenta contable que se está creando o auxiliarizando y se tendrá en cuenta en la generación de reportes.
- Detallar saldos de cartera o proveedores: Aplica para las cuentas contables detalladas por cobrar y por pagar, se relacionan en las formas de pago y son utilizadas en la elaboración de facturas de venta y compra según corresponda.
Importante: Para modificar la cuenta contable no debe contar con movimiento asociado ni estar relacionado en ningún catálogo.
- Cuenta de diferencia fiscal o ajustes NIIF: Se marcará para las cuentas que serán usadas para registrar los ajustes de norma internacional y se vera reflejada en los reportes cuando se incluyan dichas cuentas de diferencias fiscales.
- Activa: Al seleccionar este campo te permitirá que la cuenta contable se pueda utilizar en la elaboración de documentos.
Al terminar de diligenciar la información, das clic en el botón 
para que la cuenta quede almacenada en el programa y posteriormente se puedan realizar contabilizaciones en ella.